早期伊斯兰教从海路传入江苏。据明代《闽书•方域志》记载，穆罕默德于唐武德年间（618—626年）派四大贤人来中国传教，其中“二贤”传教于扬州,距今已有1300多年，是伊斯兰教最早传入中国的地区之一。宋代，穆罕默德十六世裔孙普哈丁到扬州传教，建清真寺一座即今仙鹤寺，它是江苏现存最古老的清真寺，距今有700多年历史。明代，朱元璋定都南京后，南京回族人口大增，朱元璋于洪武元年（1368年）敕建清真寺于三山街，即今净觉寺前身。明代后期，江苏出现了王岱舆、张中、伍遵契等一批伊斯兰教学者。清代，以刘智为代表的一批伊斯兰教学者，普遍开展以儒家思想诠释伊斯兰教经典的译著活动。民国时期，国民政府定都南京后，先后在南京成立了中国回教俱进会、中华回教协会。日军侵略中国后，清真寺破败冷落，穆斯林宗教生活长期陷入困境。
    解放后，人民政府认真贯彻宗教信仰自由政策，穆斯林宗教生活得到保障，政治地位得到提高。南京六合籍阿訇达浦生当选第一至第三届全国人大代表、中国伊斯兰教协会副会长、中国伊斯兰教经学院院长。改革开放以后，伊斯兰教重新恢复了宗教活动。全省现有清真寺52座,阿訇75人。江苏省伊斯兰教协会成立于1980年12月。2024年6月,省伊斯兰教协会召开第八次代表会议,选举米其智为会长。全省现有13个市伊斯兰教协会，12个县(市、区）伊斯兰教协会。全省著名伊斯兰教遗迹有：扬州普哈丁园（全国重点文物保护单位）、扬州仙鹤寺（全国重点文物保护单位）、南京渤尼国王墓（全国重点文物保护单位）、郑和墓（江苏省文物保护单位）和刘智墓（江苏省文物保护单位）等。

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